Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

小児外科研修をはじめた人に贈りたいおすすめ参考書

小児外科 標準小児外科学 第7版 (Standard textbook)作者: ?松英夫出版社/メーカー: 医学書院発売日: 2017/01/30メディア: 単行本この商品を含むブログを見る おすすめ度 ☆☆☆☆☆ 小児外科専門医の筆記試験に合格するためには、これを丸一冊暗記すれば受かると…

ggplot2で開始と終了がある期間データを帯グラフで表現する

R

はじめに 今度の学会で外来患者の長期フォローアップをまとめて発表します。そこでggplot2で開始日付 ( 初診日 ) と終了日付 ( 最終受診日 ) のあるデータの期間を、帯グラフで表現したかったのですが、日本語でのまとまった記事がなかったので書いてみまし…

{KEGGREST}でKEGG pathwayのどのorthologyに差があるのか調べる

はじめに だいぶ時間が経過してしまいましたが、前回、こんな記事を書きました。 pediatricsurgery.hatenadiary.jp PiphillinなどでpathwayやKEGG orthologyの予測メタゲノムデータを得た後の解析は多々あると思いますが、変動しているpathwayの中で自分に興…

脂肪酸と新生児の消化吸収

新生児における脂質の消化吸収 糖質・たんぱく質より消化吸収能が未熟 正期産時で10-15%、早産児 ( 32-34 ) で25-35% が吸収できず排泄される 成人並になるのは生後数ヶ月経過してから 原因は 胆汁酸のプールが少ない = 胆汁酸そのものが少ない 膵リパーゼ活…

16S rRNA遺伝子解析の限界と予測メタゲノム解析 - Piphillinの導入

16S rRNA遺伝子解析の限界 16S rRNA遺伝子解析 ( 個人的には16S rRNA gene amplicon sequencingが正しい用語だと思っています )の発達と普及によって腸内細菌叢の研究は飛躍的に進み、今まで知りえなかった腸内細菌という臓器に関する新たな知見をたくさん生…

ELISAの測定結果をRで計算する 2. 4パラメーターロジスティック回帰で吸光度から濃度を求める

0. はじめに それでは、4パラメーターロジスティック曲線を描いて、回帰式からELISAの値を算出していきます。前回記事の続きです。 pediatricsurgery.hatenadiary.jp この記事のコンテンツは 必要なパッケージのインストール ELISAデータをGitHubから入手す…

ELISAの測定結果をRで計算する 1. 4パラメーターロジスティック曲線とは

ELISAの測定結果を求める時に、どうやっても検量線のR2が0.9前後になってしまって、なかなかいい値が出なくて困っていた時がありました。そもそもELISAの検量線はどう回帰させれば良いのか、実験を始めた当初はよくわかっていなかったので、同じ様な疑問を持…

Gitのテクニカルタームのまとめ

Git

はじめに Gitという言葉をよく聞くようになり、ファイルを管理するのに便利そうだということはわかっていたのですが、Git特有の言葉が多く全体像をつかめずにいてなかなか導入できずにいました。Gitに関してはサルでもわかるGit入門というサイトが超わかりや…

新生児の消化管出血の初期対応

はじめに 新生児の消化管出血 ( 吐血・下血 ) は頻度はあまり高くないが、緊急性を要することが多いです。兎にも角にも中腸軸捻転を否定することが重要ですし、できない場合は小児外科にコンサルトが絶対に必要です。さらっと初期対応のポイントをまとめてみ…

Hirschsprung病の術式

1. 手術の原則 無神経説腸管の切除 アカラシアを示す内肛門括約筋への対処 2. 三大手術の概要 * A, Soave. B, Swenson. C, Duhamel

Clustal OmegaでFASTAから系統樹を作成する

多様性の計算のために必要なこと 細かいことは抜きにして多様性を計算するためには、FASTAファイルを系統樹を描くためのフォーマット.phに変換する必要があります。ちなみにQiimeを使用している場合は、Qiimeのコマンドから作成することができます。今回は手…

メタボローム解析: パッケージroplsのtutorialをやってみた

1. はじめに OPLS-DAを行う際の強力なツールとして、パッケージroplsの使い方をまとめていきます。OPLD-DAだけでなく、PCA、PLS(-DA),OPLSも行うことができ、R2とQ2によるquality metrics、permutation diagnosis、VIP valuesの計算、外れ値を計測するため…

メタボローム解析: PLS ( 部分最小二乗法 )

1. はじめに メタボローム解析を行う際に重要な解析方法である、PLS: 部分最小二乗法についてまとめてみました。参考サイトは8. 参考を見て下さい。

欠損値の種類と補完とRでのワークフロー

1. はじめに 実験データを扱う時に欠損値が出てしまうことはよくあると思います。欠損値を除いて解析をしたりすることも多いと思いますが、どうしても欠損値を含むデータを使用しなければいけないこともあると思います。欠損値を補完する方法はいろいろと開…

RCytoscapeの導入 ( RからCytoscapeを動かす )

はじめに Cytoscapeはネットワーク解析を行う際に非常に強力なツールとなりますが、いかんせんポチポチ操作するのが冗長。Cytoscapeに放り込むファイルはRから作ることが多いので、なんとかRとCytoscapeを連携することができないか?と探してみると、いくつ…

肺嚢胞性疾患の定義・病態・胎児診断

1. 定義 狭義の定義 気管支性肺嚢胞 肺葉内肺分画症 先天性嚢胞性腺腫様奇形 ( congenital cystic adenomatoid malformation: CCAM ) 胸膜直下の気腫性嚢胞 ( ブラ、ブレブなど )

「さらば、p値」 p値とエフェクトサイズと信頼区間

Twitterでフォローしていつも勉強させていただいている先生のtweetで印象深いものがあったので、引用させていただきます。 さらば、P値。理由は再現性の欠如。サンプルサイズがよほど巨大でもない限り、たとえ同様の研究を繰り返したところで、得られるP値は…

Hirschsprung病の病理

Hirschsprung病の病理 神経節細胞 ( 壁内神経叢 ) の欠如 漿膜あるいは外膜側から粘膜固有層まで壁全層にわたる異常な神経線維束の増生

多重検定

0. はじめに 今回の記事では多重検定について調べてまとめたことを中心に書いていきます。多重検定については下記の2つのサイトが大変わかりやすく、参考にさせていただきました。 Bonferroni法、Holm法、False Discovery Rate | 大阪大学腎臓内科 DNAマイク…

LEfSeを実際にやってみる

実際にやってみる biobakery / biobakery / wiki / lefse — Bitbucket サンプルファイルをsample input fileからダウンロードします。なぜか名前が129になっているので注意して下さい。このファイルの概要を書いておくと。

LEfSeをインストールする

はじめに LEfSeとは簡単に言うと多重検定を考慮した解析を行ってくれるツールです。bioBakeryから使うこともできますし、webアプリケーションのGalaxyから使うこともできますが、最近、コチラは不安定なことが多いような気がします。 本当は僕もwebアプリケ…

小児固形腫瘍の腫瘍マーカー

はじめに 小児固形腫瘍では、腫瘍マーカーが診断においても非常になってきます。成人固形腫瘍とはやや感覚が違うような印象もあります。あまり横断的に勉強することは少ないので、まとめておきます。少しずつ追記していきます。

bioBakeryのインストール

はじめに こちらのマニュアルを参考に進めていきます。 必要なソフトのインストール 1. VirtualBox VirtualBoxをインストールします。リンク先から.pkgファイルをダウンロードしてダブルクリックします。VirtualBoxは無料の仮想化ソフトです。自分の中にまた…

日本のダブルスペース、海外のダブルスペース

はじめに Facebookでとある先生が「日本のダブルスペースの設定と海外のダブルスペースの設定が違うことを知らない人が多い」という旨の投稿をしたのが友人経由で流れてきました。正直、寝耳に水でした。 これはと思い、一流誌に載った論文を多数持つラボの…

JMPファイルを何とかRに取り込もうとする…も撃沈する

0. はじめに 少し前から大学病院でJMP ( ジャンプ ) という統計ソフトの包括ライセンス契約を結んでいるらしく、JMPを使って解析をしたという話をよく聞くようになった。どうやら初学者にも使いやすくて好評らしい。聞いたことなかったので、なんだその怪し…

コホート内ケースコントロール研究: 2. コントロール群の抽出法

0. はじめに さて、この記事ではRとパッケージ"Epi"を用いて、コホート内ケースコントロール研究の被験者を実際に抽出していきたいと思います。データ・セットはRパッケージ{Epi}の中の"diet"を使用していきます。 コホート内ケースコントロール研究について…

コホート内ケースコントロール研究: 1. コホート内ケースコントロール研究とは?

0. はじめに 現在、私が関わっているプロジェクトでコホート内ケースコントロール研究を行うことになりました。というのも、腸内細菌叢や糞便中代謝物を測定するのには非常にお金がかかるので、集めた全検体を調べると大変なことになります。ですので、前向…

予測メタゲノム解析: HUMAnNをインストールするためのあれこれ

はじめに HUMAnNとは、The HMP Unified Metabolic Analysis Networkの略で、メタゲノムデータを使って腸内細菌叢がどの代謝経路を有していて、またその遺伝子をどれくらい持っているのか?ということを明らかにするためのパイプラインです。16SrRNAアンプリ…

Gasteroenterology: γδ-T 細胞から産生されるIL-17と胆道閉鎖症

Interleukin-17, Produced by γδ-T Cells, Contributes to Hepatic Inflammation in a Mouse Model of Biliary Atresiaand is Increased in Livers of Patients. www.ncbi.nlm.nih.gov

肺分画症の血管走行

0. はじめに 肺分画症を手術する際に最も重要なことは、血管の走行を可能な限り把握し、予期せぬ血管損傷のリスクを最小限に留めておくことと考えられます。しかしその血管走行は単純ではありません。先日、肺葉内肺分画症の血管走行に関して議論があり、復…