Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

Python

【PythonとOpenCVで簡易OMR(マークシートリーダ)を作る】を初心者が理解するために③

0. はじめに qiita.com この記事は@sbtseijiさんがQiitaに投稿した記事をPython初心者が、その仕組みを理解して実行できるようになるために一歩一歩進んでいくための記事の第3回目です。上級者はおそらく元記事を見れば理解できると思いますが、素人にはなか…

【PythonとOpenCVで簡易OMR(マークシートリーダ)を作る】を初心者が理解するために②

0. はじめに qiita.com この記事は@sbtseijiさんがQiitaに投稿した記事をPython初心者が、その仕組みを理解して実行できるようになるために一歩一歩進んでいくための記事の第2回目です。上級者はおそらく元記事を見れば理解できると思いますが、素人にはなか…

【PythonとOpenCVで簡易OMR(マークシートリーダ)を作る】を初心者が理解するために①

0. はじめに qiita.com この記事は@sbtseijiさんがQiitaに投稿した記事をPython初心者が、その仕組みを理解して実行できるようになるために一歩一歩進んでいくための記事です。上級者はおそらく元記事を見れば理解できると思いますが、素人にはなかなか難し…

Python初心者がnumpyとOpenCVをインストールするためにしたこと

はじめに 臨床データを呼吸するように集めていく、というのは僕の一つの目標なのですが、自作のマークシートがあればいろいろと面白いことができないかな?と思っていました。 www.scanet.jp 業者に頼むのが一番手っ取り早かったの、スキャネットさんの担当…

LEfSeを実際にやってみる

実際にやってみる biobakery / biobakery / wiki / lefse — Bitbucket サンプルファイルをsample input fileからダウンロードします。なぜか名前が129になっているので注意して下さい。このファイルの概要を書いておくと。

LEfSeをインストールする

はじめに LEfSeとは簡単に言うと多重検定を考慮した解析を行ってくれるツールです。bioBakeryから使うこともできますし、webアプリケーションのGalaxyから使うこともできますが、最近、コチラは不安定なことが多いような気がします。 本当は僕もwebアプリケ…

bioBakeryのインストール

はじめに こちらのマニュアルを参考に進めていきます。 必要なソフトのインストール 1. VirtualBox VirtualBoxをインストールします。リンク先から.pkgファイルをダウンロードしてダブルクリックします。VirtualBoxは無料の仮想化ソフトです。自分の中にまた…

予測メタゲノム解析: HUMAnNをインストールするためのあれこれ

はじめに HUMAnNとは、The HMP Unified Metabolic Analysis Networkの略で、メタゲノムデータを使って腸内細菌叢がどの代謝経路を有していて、またその遺伝子をどれくらい持っているのか?ということを明らかにするためのパイプラインです。16SrRNAアンプリ…

MacQiimeのインストール

0. はじめに 次世代シーケンサーのmiSeqを使用したmeta16Sのrunが終わったので、それを解析するための環境を整えていきます。Mac OS X Yosemite 10.10です。京都大学 東京大学 ( だいぶ前に以前のブログで指摘していただいていたようです、大変失礼しました )…