Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

Rで細菌に有効な抗菌薬を探せるようにSanfordの表からデータを整形する

0. はじめに 今している仕事で、どの細菌にどの種類の抗菌薬が一般的に推奨されないのか?といったことを客観的に示す必要がありました。SanfordからはTableという形ではデータは手に入るのですが、もちろんそのままでは使えず、これをデータ処理に使えるよ…

知る人ぞ知る美食の街・リマのおすすめレストラン

知る人ぞ知る美食の街、リマ。ペルー料理自体が本当にどこに行っても美味しいのですが、リマは世界一周旅行者の中でも有名な美食の街。中でも、世界一美味しいイカ墨パスタが食べられるレストランがあるということで、ずっとリマで食い倒れをすることを楽し…

サンタクルス谷トレッキング 装備編・食

1. 調理器具 実は今回のトレッキングで一番心配していたのが、調理器具でした。当然、4日間、料理をしないと死んでしまうわけなのですが、燃料を調達できるか?というところがネックでした。日本からは飛行機に乗せることができないので ( 手荷物じゃなくて…

サンタクルス谷トレッキング:装備・衣住編

3泊4日のサンタクルス谷トレッキングに必要な装備についてまとめてみました。何を持っていくか、出国前にいろいろと迷ったので、まとめておきます。参考にしていただければ。今回は衣食住のうち衣と住に関してです。 ちなみに僕が行ったのは9月初旬でしたが…

総排泄腔遺残症 ( Persistent Cloaca ) のまとめ

概要 総排泄腔遺残症 ( Persistent Cloaca ) は、女児の直腸肛門奇形の特殊型で、尿道、腟、直腸が総排泄腔という共通管に合流し、共通管のみが会陰部に開口する稀少難治性泌尿生殖器疾患 6. より引用 女児にしか発生しない疾患 重症: 総排泄腔の長さ…

ジョージア旅情報: ウシュグリトレッキング ( 後編 )

ヨーロッパ最後の秘境と言われ、旅行人のコーカサス特集の表紙にもなっている村、ウシュグリへの2泊3日のトレッキングについてまとめた記事の後編です。そこまで難しいルートではなくおすすめのトレッキングコースです。 旅行人163号特集コーカサス〜アゼル…

ジョージア旅情報: ウシュグリトレッキング ( 前編 )

メスティアでは丘の上の十字架を見に行くトレッキングが日本人に人気なようですが、メスティアからウシュグリ村までトレッキングするコースもあって、ヨーロッパの人たちには割と人気なようです。 meetsourcetrip.com ウシュグリ村は記事にもあるように、ヨ…

Rパッケージのtabulizerをインストールするのにえらく苦労した話

R

0. はじめに とあるテーブルデータを依頼したらPDFファイルで届いたということはよくあることだと思います。PDFをtableファイルに変換する方法はいろいろあると思いますが、手軽なのはアップロードしてくれると.xslxや.csvに変換してくれる、PDFTableでしょ…

2-1. 緑本とggplot2: カウントデータとポワソン分布

0. はじめに 統計モデリングを勉強したくて、Twitterのフォロワーさん方絶賛の久保先生の通称 " みどりぼん " を読んでみました。もちろんそのままでもわかりやすいのですが、データから自分でグラフを作っていくと、より理解が深まると思いました。せっかく…

小児水腎症の評価のための利尿レノグラム

1. 特徴 利尿負荷後のレノグラムのパターン ( washout curve ) によって閉塞の有無や程度を評価する 通常のレノグラフィでは軽度の水腎症でもレノグラムのカーブは閉塞パターンを示してしまうことが多いため利尿負荷をかける 分腎機能と尿路通…

ggplot2でviolin plotとdotplotの両方で可視化する

今回はこんな感じのグラフを描けるようになることを目標にします。 0. はじめに 第68回TokyoRは盛況に終わったようです。地方都市に住んでいる自分はなかなか参加できず ( ドタキャンして大変申し訳ありません ) 、運営のみなさんが流してくださったツイキャ…

興味のある遺伝子を他のどんな種類の細菌が保有しているかBLASTNと{rentrez}を使って調べる

0. はじめに ここでは興味を持った細菌の遺伝子、もしくは遺伝子配列を、どんな種類の他の細菌が持っているのかを知りたい時にやってみたことをまとめておきます。 KEGGとNCBIでシーケンスを取得 BLASTNで検索 Rの{rentrez}で情報を整理 という感じになりま…

{vegan}を使った菌叢解析の階層的クラスター分析とクラスタリング

0. はじめに 菌叢解析をしているとUnifrac distanceなどを計算して、各被験者の菌叢の全体像を被験者間で比較する必要 ( Beta diversity ) があると思います。またその全体像に違いがあった時に同じようなグループをまとめて1つのグループとして扱いたいとき…

Word 2016でEndNoteのツールバーが消えた時の対応

論文を書こうと思ってWordを開いてたら、いつの間にやらEndnoteとの連携が解除されていました。実は今までも同じようなことがあって、何度も検索を繰り返しているので、備忘録代わりにメモしておきます。何か不安定ですよねーWordとEndNote。 結論から言うと…

mothur開発者によるmothurとQIIMEの比較

0. はじめに mothurもQIIMEも16S rRNAアンプリコンシーケンシング解析 ( 俗に言う菌叢解析 ) をするために使用するアプリケーションのうち、最も有名な2大アプリケーションです。 blog.mothur.org この記事はもともと ( よくわからず ) QIIMEを使っていた僕…

Atomのおすすめパッケージを一括インストールする

はじめに 研究をはじめてテキストエディタというものの存在を知り、markdownと出会いもありなくてはならない存在になったテキストエディタ。 CotEditor Sublime3 Atom hackmd.io kobito MarkRight と浮気しまくって最後にAtomに戻ってきました。自分用にAtom…

先天性横隔膜ヘルニアの重症度

解剖学的要素 胎生24週以前の胎児診断 出生前診断あり 重篤な合併奇形 右横隔膜ヘルニアが予後不良かどうかは議論の余地あり 超音波検査

小児鈍的脾・肝損傷: APSAガイドライン2000

0. はじめに 小児鈍的脾・肝損傷に関しては保存的治療が積極的に行われるようになっており、その割合は恐らく成人より高いのではないか?と思います。いわゆるbed rest protocolですが、どのくらいの期間、床上安静が必要なのか?ということは割と気にせず、…

Rで全角英数記号を半角にするのに{stringi}が役に立った話

R

はじめに ( 愚痴 ) 仕事がらあまりデータ解析をしない人からExcelファイルをもらうことが多く、自分が扱いやすいデータにするための処理が実は解析の中で一番大変だったりします。もちろんExcelの生データをExcelを使って処理してしまえばそんなに大変ではな…

ジョージア旅情報: ワインの郷・カヘティ地方の情報

ジョージアワインを堪能すべくカヘティ地方へワイナリーを訪れる際の情報をまとめておきます。日本語の情報はあまりなかったので、お役に立てるかと思います ( 2017年9月の情報です ) 。ちなみにカヘティ地方のワイナリーの素晴らしさについては下記の記事を…

ジョージア旅情報: ジョージアのワイナリーを巡る

ジョージアのワイナリーのワイン。めちゃくちゃ美味しかったので、ジョージアを訪れた際はなにがなんでも時間を作って行ってほしいです。 ジョージアがワイン発祥の地だということは有名だと思います。安宿でもワインが無料で振る舞われたりと、ワインが身近…

ジョージア旅情報: トビリシからメスティアまでのルートのまとめ

ジョージアの首都のトビリシからトレッキングで有名なスヴァネティ地方の玄関口のメスティアに行くには3通りあるようです。 バスでトビリシ→メスティア 夜行列車でトビリシ→ズグディディ、バスでズグディディ→メスティア 空路 それぞれに特徴があるのでまと…

備忘録: 新しいMacを購入した時に

MacBook 12 inchを購入しました。今まで使用していたMacBook Pro 13 inch 2014をそのままコピーしても良かったのですが、怪しげなアプリケーションをたくさんインストールしてしまっているので、イチから環境設定をしてみます。完全に自分の備忘録で、次にク…

{dplyr}のパイプの中でNAを0に置換する

R

Rにおいて欠損値NAを0に変換するのは、Rを覚えたての頃につまづくことのうちの1つじゃないかと思います。いろいろ方法はあると思いますが、{dplyr}を使ってパイプの中で処理をする方法はあまり見つからなかったので、まだまだビギナーの自分にとっては結構大…

小児外科研修をはじめた人に贈りたいおすすめ参考書

小児外科 標準小児外科学 第7版 (Standard textbook)作者: ?松英夫出版社/メーカー: 医学書院発売日: 2017/01/30メディア: 単行本この商品を含むブログを見る おすすめ度 ☆☆☆☆☆ 小児外科専門医の筆記試験に合格するためには、これを丸一冊暗記すれば受かると…

ggplot2で開始と終了がある期間データを帯グラフで表現する

R

はじめに 今度の学会で外来患者の長期フォローアップをまとめて発表します。そこでggplot2で開始日付 ( 初診日 ) と終了日付 ( 最終受診日 ) のあるデータの期間を、帯グラフで表現したかったのですが、日本語でのまとまった記事がなかったので書いてみまし…

{KEGGREST}でKEGG pathwayのどのorthologyに差があるのか調べる

はじめに だいぶ時間が経過してしまいましたが、前回、こんな記事を書きました。 pediatricsurgery.hatenadiary.jp PiphillinなどでpathwayやKEGG orthologyの予測メタゲノムデータを得た後の解析は多々あると思いますが、変動しているpathwayの中で自分に興…

脂肪酸と新生児の消化吸収

新生児における脂質の消化吸収 糖質・たんぱく質より消化吸収能が未熟 正期産時で10-15%、早産児 ( 32-34 ) で25-35% が吸収できず排泄される 成人並になるのは生後数ヶ月経過してから 原因は 胆汁酸のプールが少ない = 胆汁酸そのものが少ない 膵リパーゼ活…

16S rRNA遺伝子解析の限界と予測メタゲノム解析 - Piphillinの導入

16S rRNA遺伝子解析の限界 16S rRNA遺伝子解析 ( 個人的には16S rRNA gene amplicon sequencingが正しい用語だと思っています )の発達と普及によって腸内細菌叢の研究は飛躍的に進み、今まで知りえなかった腸内細菌という臓器に関する新たな知見をたくさん生…

ELISAの測定結果をRで計算する 2. 4パラメーターロジスティック回帰で吸光度から濃度を求める

0. はじめに それでは、4パラメーターロジスティック曲線を描いて、回帰式からELISAの値を算出していきます。前回記事の続きです。 pediatricsurgery.hatenadiary.jp この記事のコンテンツは 必要なパッケージのインストール ELISAデータをGitHubから入手す…