Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

Rで細菌に有効な抗菌薬を探せるようにSanfordの表からデータを整形する

0. はじめに

今している仕事で、どの細菌にどの種類の抗菌薬が一般的に推奨されないのか?といったことを客観的に示す必要がありました。SanfordからはTableという形ではデータは手に入るのですが、もちろんそのままでは使えず、これをデータ処理に使えるようにするには一工夫必要でした。そこでPDFからデータを抽出して、データベースを作ってみようと思ってやってみました。例えば、アミノグリコシド系がいわゆる通性嫌気性菌であるBacteroides属には無効ですが、それを調べるためツールという感じに応用できます。

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知る人ぞ知る美食の街・リマのおすすめレストラン

知る人ぞ知る美食の街、リマ。ペルー料理自体が本当にどこに行っても美味しいのですが、リマは世界一周旅行者の中でも有名な美食の街。中でも、世界一美味しいイカ墨パスタが食べられるレストランがあるということで、ずっとリマで食い倒れをすることを楽しみにしてました。

ameblo.jp

おそらく多くの人達はペルーへはマチュピチュのために行くと思うのですが、ぜひともリマには1-2泊してほしい!

そんなわけで、僕が行ったリマのレストランを紹介します。レストランを選ぶにあたって、n&iのCasa de Los Andesに泊まった時に、井上さんからリマのグルメマップをもらって、いろいろとアドバイスをもらいました。そんな点からも、Casa de Los Andesにはぜひ泊まってほしいです!

nandiperu.com

今回は、3つしか回れなかったのですが、またいつかリマに行けたらと思っています。

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サンタクルス谷トレッキング 装備編・食

1. 調理器具

実は今回のトレッキングで一番心配していたのが、調理器具でした。当然、4日間、料理をしないと死んでしまうわけなのですが、燃料を調達できるか?というところがネックでした。日本からは飛行機に乗せることができないので ( 手荷物じゃなくてもだめです ) 絶対に持っていくことができません。もちろんワラスで買い物ができればストーブの燃料が調達できることは知っていたのですが、僕はスケジュールがカツカツだったので、飛行機の遅延なんかで、ワラスで買い物をする時間がなかったらどうしよう?と考えたりしていました。

実際には、n&iの井上さんにお願いして買っておいてもらう形になりました。本当にありがたかったです。宿も含めて、いろいろと相談すると快く応じてくれると思いますよ。n&iとn&iが経営するおすすめの日本人宿Casa de Los Andesに関してはまた記事を書きます。

ワラス旅 | ペルー・ワラスの旅行会社 n&iペルー

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サンタクルス谷トレッキング:装備・衣住編

3泊4日のサンタクルス谷トレッキングに必要な装備についてまとめてみました。何を持っていくか、出国前にいろいろと迷ったので、まとめておきます。参考にしていただければ。今回は衣食住のうち衣と住に関してです。

ちなみに僕が行ったのは9月初旬でしたが、日中は太陽が出ていれば標高が高くても30度近くになりますし、夜間は氷点下を下回ると思います。

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総排泄腔遺残症 ( Persistent Cloaca ) のまとめ

概要

  • 総排泄腔遺残症 ( Persistent Cloaca ) は、女児の直腸肛門奇形の特殊型で、尿道、腟、直腸が総排泄腔という共通管に合流し、共通管のみが会陰部に開口する稀少難治性泌尿生殖器疾患

6. より引用

  • 女児にしか発生しない疾患
  • 重症: 総排泄腔の長さが 3 cm以上の症例
    • 総排泄腔から切離した尿道、腟、直腸を会陰部に開口させる際に移動する距離が長くなる
    • 手術による解剖学的修復が困難
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ジョージア旅情報: ウシュグリトレッキング ( 後編 )

ヨーロッパ最後の秘境と言われ、旅行人のコーカサス特集の表紙にもなっている村、ウシュグリへの2泊3日のトレッキングについてまとめた記事の後編です。そこまで難しいルートではなくおすすめのトレッキングコースです。

旅行人163号特集コーカサス〜アゼルバイジャン+アルメニア+グルジア

旅行人163号特集コーカサス〜アゼルバイジャン+アルメニア+グルジア

前編はこちらになります。 www.pediatricsurgery.site

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ジョージア旅情報: ウシュグリトレッキング ( 前編 )

メスティアでは丘の上の十字架を見に行くトレッキングが日本人に人気なようですが、メスティアからウシュグリ村までトレッキングするコースもあって、ヨーロッパの人たちには割と人気なようです。

meetsourcetrip.com

ウシュグリ村は記事にもあるように、ヨーロッパ最後の秘境と言われていて、その謳い文句だけでも行ってみてくなってしまいました。またウシュグリ村は旅行人のコーカサス特集の表紙にもなっている街です。

旅行人163号特集コーカサス〜アゼルバイジャン+アルメニア+グルジア

旅行人163号特集コーカサス〜アゼルバイジャン+アルメニア+グルジア

途中、氷河を間近で見れたり、高山植物が綺麗だったり、トレッキングコースとしてはかなりおすすめです。本来は4日間のコースで ( 僕は2日で完遂しましたが笑 ) 4日間かければトレッキングとしても簡単な部類に入ります。

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Rパッケージのtabulizerをインストールするのにえらく苦労した話

0. はじめに

とあるテーブルデータを依頼したらPDFファイルで届いたということはよくあることだと思います。PDFをtableファイルに変換する方法はいろいろあると思いますが、手軽なのはアップロードしてくれると.xslxや.csvに変換してくれる、PDFTableでしょうか?

pdftables.com

このサイトも使いやすくはあるのですが、少し変換結果がイマイチだったのと、複数のファイルがあったのでやっぱりRで変換したいと思っていました。パッケージの{tabulizer}を使えばできるようです。Qiitaの記事でもこの熱の入れよう。

qiita.com

僕の勇んでインストールしようとしたところ、エラーが出てまったく動かず。数時間かけてようやくインストールできました。手当たり次第Google先生に聞いて、何とかインストールできました。なぜインストールできたのかはよくわからないのですが、困っている人は参考にしていただければと思います。結構いるのでは?

ちなみに当方、macOS High Sierra 10.13.5の環境です。

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2-1. 緑本とggplot2: カウントデータとポワソン分布

0. はじめに

統計モデリングを勉強したくて、Twitterのフォロワーさん方絶賛の久保先生の通称 " みどりぼん " を読んでみました。もちろんそのままでもわかりやすいのですが、データから自分でグラフを作っていくと、より理解が深まると思いました。せっかくなので本編では使われていなかった{ggplot2}を使って、グラフを描くコードを書いていろいろと復習してみました。まずは第二章の確率分布と統計モデルの最尤推定から。

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小児水腎症の評価のための利尿レノグラム

1. 特徴

  • 利尿負荷後のレノグラムのパターン ( washout curve ) によって閉塞の有無や程度を評価する
    • 通常のレノグラフィでは軽度の水腎症でもレノグラムのカーブは閉塞パターンを示してしまうことが多いため利尿負荷をかける
  • 分腎機能と尿路通過障害の評価を行うために重要な検査
  • 再現性のある評価を行うためには適切なプロトコールが重要
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